Suivre une pandémie à l'aide de globes virtuels
D'après un travail de Ludovic Delorme
Certaines maladies infectieuses se propagent rapidement, au sein de la population humaine, sur le globe terrestre. L’utilisation des SIG (Google Earth, Google Map, Nasa World Wind, logiciel dédié...) permet de suivre l’extension de ces pandémies au cours du temps, ou de comprendre leur répartition en les confrontant à d’autres données.
Grippe aviaire
L’OMS met à disposition une cartographie de la grippe aviaire.
La Society of Systematic Biologists présente un fichier kmz sur l’analyse géographique et génomique du virus H5N1.
Ce fichier kmz compare les voies de migrations des oiseaux migrateurs et la carte d’extension de la grippe aviaire (2006).
Le blog de Declan Butler propose un fichier kmz recensant les cas de grippes aviaires chez les oiseaux et dans la population humaine au cours du temps.
Le même auteur propose une carte des risques d’infection de l’homme par la grippe aviaire H7N9.
Pangloss Tech propose un Add-on de World Wind sur le H5N1 (2006).
Grippe saisonnière
Google (Attention : outil de mesure = nombre de clic !!) Fichier kmz
Grippe A
FluTracker cartographie quotidiennement la pandémie.
L’OMS propose une cartographie hebdomadaire illustrant la propagation de la pandémie dans le monde, ainsi qu’une cartographie du nombre de décès. Concernant la France, des informations actualisées sont disponibles sur le site interministériel.
Stacksymbol propose un fichier kmz (juillet 2009) basé sur les données de l’OMS.
Pangloss Tech propose un Add-on de World Wind sur le H1N1.
Paludisme
Le map (malaria atlas project) propose un fichier kmz sur la distribution géographique de la malaria. Cette dernière peut être comparée avec celle d’une maladie génétique, la drépanocytose (voir fichier kmz). Cette comparaison permettra de discuter de la notion de sélection naturelle.
CISID (centralized information system for infectious diseases)
SIDA
L’OMS propose une cartographie multiple de la distribution géographique du VIH.
CISID (centralized information system for infectious diseases)
Réseau sentinelle (niveau national)
Tuberculose
L'OMS propose une cartographie multiple de la distribution géographique de la tuberculose.
CISID (centralized information system for infectious diseases)
Diverses maladies
Le réseau sentinelle permet de suivre l’évolution des maladies suivantes au niveau national (et parfois régional) : crises d’asthme, diarrhée aigüe, gastro-entérite, hépatites A, B, C, maladie de Lyme, oreillon, urétrite masculine, varicelle, zona... Certaines épidémiologies sont présentées sous forme d’animations.
L’Institut de veille sanitaire propose une cartographie nationale, régionale et départementale des maladies suivantes : botulisme, cancers, infections invasives à méningocoques, tuberculose, SIDA.
Le CISID (centralized information system for infectious diseases) permet l’étude des maladies suivantes : diphtérie, hépatite B, HIV, maladies sexuellement transmissibles, malaria, tuberculose.
HealthMap cartographie les cas des maladies suivantes (liste non exhaustive) lors des 30 derniers jours : Botulisme, Brucellose, Campylobacter, Chikungunya, Choléra, Clostridium difficile, Conjunctivite, Coqueluche, Dengue, Diarrhée, Dysenterie, Ebolavirus, E. coli, Empoisonnement, Encephalite, Encéphalite japonaise, Exanthème, Fièvre aphteuse, Fièvre catarrhale, Fièvre jaune, Fièvre typhoïde, Gastro-entérite, Grippe, Grippe aviaire, Grippe équine, Hantavirus, Herpès, Hépatite, Intoxication alimentaire, Légionellose, Leptospirose, Leishmaniose, Listériose, Maladie du charbon, Maladie de Creutzfeldt-Jakob, Méningite, Norovirus, Oreillons, Paludisme, Parvovirus, Peste, Peste des petits ruminants, Poliomyélite, Rougeole, Salmonella, Shigellose, Schistosomiase, Staphylocoque, Syphilis, Toxoplasmose, Trichinose, Tuberculose, VIH/SIDA, Virus du Nil occidental...
L’Organisation Mondiale de la Santé propose une cartographie des maladies suivantes : Choléra, Coqueluche, Diphtérie, Grippe aviaire, H5N1, Encéphalite japonaise, Fièvre jaune, Lèpre, Méningite, Oreillons, Paludisme , Peste, Poliomyélite, Rougeole, Rubéole, Syndrome Rubéoleux congénital, Tétanos néonatal, Tétanos total, Tuberculose.
Ebola : Cartographie des cas confirmés et probables
Diverses bactéries pathogènes
MLST (Multi Locus Sequence Typing) propose d’observer (avec Google Earth) la distribution géographique de divers organismes pathogènes (voir liste ci-après) caractérisés par leur séquence génomique.
Liste des organismes pathogènes : Bacillus cereus, Burkholderia pseudomallei, Campylobacter jejuni and C.coli, Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis, Cryptococcus neoformans, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Haemophilus influenzae, Neisseria spp, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus suis, Streptococcus uberis.
EARSS (European Antimicrobial Resistance Surveillance System) propose une étude géographique sur la résistance de pathogènes à certains antibiotiques.
Pour aller plus loin, l’équipe ACCES IFE a mis en ligne une base de données épidémiologiques dans le monde, classées par source.